Ursprünglich strömten die Flüsse frei dahin. Mit der Kraft des fließenden Wassers gestalteten die Fließgewässer unsere Landschaft.

Seit dem Mittelalter wurde begonnen, die Flüsse zu verbauen. Wasserkraft wurde genutzt, um Mühlen anzutreiben. Mit Beginn des Industriezeitalters wurden die Flüsse und deren Auen immer stärker für den Menschen nutzbar gemacht. Begradigungen, Eindeichungen zur Landgewinnung und in der Folge Querbauwerke zur Sohlstabilisierung haben den Fließgewässern die Dynamik geraubt, Lebensräume vernichtet und die Fischwandermöglichkeiten unterbrochen.

Querbauwerke in Flussläufen sind Wehre, Staudämme oder auch Sohlstufen. Ihr Zweck ist es, Wasser für Triebwerksanlagen (meist zur Erzeugung von el. Strom) abzuleiten oder ein Eintiefen der Gewässersohle zu verhindern. Querbauwerke unterbrechen die biologische und morphodynamische Durchgängigkeit.
Querbauwerke verändern die Eigenschaften des Gewässers, vor allem Strömungsgeschwindigkeit, Wassertiefe, Temperatur, Sedimentzusammensetzung und den wasserchemischen Austausch zwischen freier Welle und dem Porenraum am Grund (Interstitial). Oberhalb und unterhalb des Querbauwerks gibt es deshalb erhebliche Unterschiede in der Artenvielfalt und Artenzusammensetzung der Gewässerlebewesen. Ein genetischer Austausch zwischen Ober- und Unterwasser ist nicht bzw. schlecht möglich, Laichplätze können nicht erreicht werden.

Häufig wurden Querbauwerke errichtet, um Wasser in einen Kanal auszuleiten. Für den Lebensraum im Fließgewässerabschnitt unterhalb der Ausleitung hat diese Wasserentnahme schwerwiegende Folgen: Fließgeschwindigkeiten und Abflusstiefen nehmen ab. Bereiche des Flussbetts können trocken fallen, der Geschiebetransport wird reduziert, Sohlumlagerungen als wichtiger Bestandteil der Biodynamik finden kaum mehr statt.

Biologische Durchgängigkeit:
Viele Fischarten müssen im Gewässer wandern können, um die für sie passenden Laichplätze zu erreichen. Wehre und Abstürze verhindern die Wanderung von Fischen und anderen Gewässerlebewesen. Deshalb müssen Maßnahmen ergriffen werden, um die biologische Durchgängigkeit herzustellen: Fischpässe, Umgehungsgerinne oder besser der Umbau der Querbauwerke in Sohlrampen oder Sohlgleiten. Unbedingt notwendig sind ganzjährig ausreichende Abflussmengen, mit entsprechenden Mindestwassertiefen und -fließgeschwindigkeiten.